Juan Carlos Muñoz macht seine musikalische Ausbildung am Konservatorium von Esch-sur-Alzette, in Belgien sowie in Frankreich, wo er den Unterricht von Professor Sylvain Dagosto genießt. Er setzt sein Studium an der Hochschule für Musik Köln (neapolitanische Mandoline und Barock-Mandoline) mit Professorin Marga Wilden-Hüsgen fort und absolviert seine künstlerische Abschlussprüfung mit "ausgezeichnet". Als Solist ist er mit verschiedenen Ensembles aufgetreten: in Washington, Wien, Freiburg, Paris, Reykjavik, Brüssel. 1990 gründet er das "Calace"-Duo und unternimmt eine Tournee durch Europa. Als Mitbegründer des "Muñoz-Pavón"-Duo gibt er Konzerte in den Vereinigten Staaten, Kanada, Japan, Griechenland, Spanien, Österreich, Deutschland, Frankreich, Luxemburg, Belgien und den Niederlanden.
Zusammen mit Mari Fe Pavón gründet Juan Carlos Muñoz das Barockmusik-Ensemble "Artemandoline". Als Leiter dieses einzigartigen Ensembles beabsichtigt er durch eine bewusste Rückbesinnung auf Werte des musikalischen Barock die Verwertung der musikästhetischen Quellen und vor allem das Wiederaufleben der historischen Mandoline und der mit ihr verwandten Instrumente, deren reichhaltiges Repertoire ausschlaggebend für dieses Unterfangen ist. In dieser Hinsicht hat er eine bahnbrechende Arbeit geleistet. Somit hat er zum besseren Verständnis der Mandoline beigetragen. Ihm liegt daran, die Relevanz der Mandoline in der Musikkultur des Barock zu erforschen und zu zeigen. Die Blütezeit der Mandoline fällt nämlich mit dem Barock zusammen. Außerdem deutet eine reiche Ikonografie demonstrativ darauf hin, dass die Mandoline, die im 19. Jahrhundert ihre Anziehungskraft einigermaßen verliert, im Barock hingegen ein in den aristokratischen Kreisen beliebtes Instrument war.
Juan Carlos Muñoz ist regelmäßig eingeladen, um überall in Europa, aber auch außerhalb Europas in Japan zum Beispiel, Meisterkurse zu erteilen. Außerdem nimmt er als Jury-Mitglied an verschiedenen internationalen Musikwettbewerben (Schweinfurt, Murcia, Neapel, Osaka...) teil. Er ist mit Mari Fe Pavón Mitgründer des europäischen Orchesters "Il forum musicale” und des “Stage International de Hunspach en Alsace”. Mit dem Barock-Ensemble Artemandoline gastiert er in zahlreichen Barock-Musikfestspielen: Périgord Vert, Bach Chamber Days in Riga (Lettland), Tage Alter Musik Regensburg, Festival de Musique Ancienne du Marais, Monza e Brianza (Italie), Gaudete Early Festival (Piemonte), "Early Music Day Alden-Biesen (Belgien)", Musique en Catalogne romane, Castello Reale di Sarre (Aosta), Festival « Musique d’Ensemble » in Pommiers, Luxembourg "Baroque Days",…
Zurzeit unterrichtet Juan Carlos Muñoz Mandoline und Kammermusik am Konservatorium von Esch-sur-Alzette (Luxemburg) und an der Hochschule für Musik in Saarbrücken. Er macht Aufnahmen für verschiedene Labels, unter anderem Jade Milan Musique, K 617, Brilliant Classics, Sony Germany und Deutsche Harmonia Mundi.